で簡単に解決する方法として、「すべてを再構築する」をやめて個別に再構築してみると何とかindividual以外は出来ました。でも面倒なのでコンフィグの中身をいじることに。
mtのバージョンは2.6と古いわけで、今のものとはファイル名とか違うかもしれませんが、mt.cfgの
# When rebuilding individual archives, Movable Type splits up the rebuilding
# process into segments, where each segment consists of rebuilding N entries.
# The default value for N is 40, so by default, MT will rebuild 40 entries at
# a time, then move on to the next 40, etc. You can change that value globally
# here; for example, if you have a very stable server, you might wish to just
# get it all done with in one batch.
#
# EntriesPerRebuild 40
の一番最後の部分で#を外して
EntriesPerRebuild 10
としてみました。これで再構築を10単位ずつするのでサーバーへの負担が減ります。以上
※berkleyDBかbarkleyDBなのかと思ったらberkeleyDBでした。
参考:小粋空間 Movable Type で再構築エラーになる場合の原因と対処
http://www.koikikukan.com/archives/2006/04/26-015057.php